住宅の建設や住宅の購入のため、長期・固定・低利の住宅資金の貸付けを行っており、その利用者への資金の貯蓄支援のため、「つみたてくん」という愛称で呼ばれている住宅宅地債券を発行していた。しかしながら、独立行政法人に移行した後は直接融資は、災害復興への支援や
集合住宅の立て替え等数種類に限られることとなり、「つみたてくん」の発行も廃止された。集合住宅の修繕費用を積み立てる、「マンションすまい・る債」と呼ばれる型の住宅宅地債券は引続き発行される。
直接融資は、民業の圧迫になると言う批判があり、縮小することとなった。それに代わって「長期・固定金利の
住宅ローン」を提供し続けるため、民間金融機関等による長期・固定金利の住宅ローンの買取りなどを行うといった
証券化支援事業を2003年から実施している。この事業には最長の償還期間が35年であることから
フラット35という愛称が付けられている。これを元にした民間の住宅ローン商品が各金融機関から発売されている。